Родился в кишлаке Старый Джуйбазар Маргиланского уезда Ферганской области 1 (13) июля 1885 года. Отец — бедняк. C 9 лет — батрак, чайрикер (издольщик) у бая.
В 1916 году активный участник восстания в Маргилане. Арестован, провёл 2 месяца в тюрьме.
С 1917 года — заместитель председателя, председатель кишлачного совета в районе Маргилана. Участник Гражданской Войны в Ферганской области — разведчик, проводник частей РККА, председатель Маргиланской организации союза «Кошчи». Активный участник борьбы с басмачеством.
В феврале 1925 года делегат от Маргилана на I учредительном съезде КП Узбекистана. Избран членом ЦК и Бюро ЦК КП Узбекистана. Избран первым Председателем Президиума ЦИК Узбекистана (1925—1938), председатель Президиума Верховного Совета Узбекской ССР (1938—1943).
Депутат Верховного Совета СССР (1937—1943). C 21 мая 1925 года — член Президиума ЦИК СССР.
Кавалер орденов Ленина и Трудового Красного Знамени.
До 2005 года в Ташкенте на улице Лашкорбеги, 19 в одноэтажном особняке дореволюционной постройки находился мемориальный музей Юлдаша Ахунбабаева, так как он жил в этом доме в 1938—1943 годах. В настоящее время музей закрыт по решению властей.
Крушение эмирата (реж. Владимир Басов, Латиф Файзиев) 1955