Возглавлял миссию МКС-1, за что получил космическую медаль почёта.
Родился 26 июля 1949 года в Оук-Ридж, Теннесси, США, но по другим данным родился в Нью-Йорке. Он женат на Бет Стрингем (Хьюстон, Техас). Мать зовут Барбара Шеперд, проживает в Мериленде, отца зовут Джордж Шеперд.
Шеперд закончил школу в 1967 году в Финиксе, Аризона. В 1971 получил разрешение на деятельность в области космических разработок от ВМФ США. После завершения морского инженерно-технического университета присоединился к спец-сообществу морской пехоты. Вскоре получил разрешение на деятельность в морской инженерии от Массачусетского технологического института.
В 1984 году был отобран в число астронавтов NASA, из-за немаловажной деятельности в спасательной операции после катастрофы шаттла Челленджер (Challenger). После отбора занимался осуществлением программ: STS-27 (1988), STS-41 (1990) и STS-52 (1992). В 1993 году занимался настройкой управления МКС. С 31 октября 2000 года по 21 марта 2001, он и русские космонавты, Юрий Гидзенко и Сергей Крикалёв, участвовали в миссии МКС-1 — первой миссии на МКС.
В ходе этой миссии он провёл в космосе больше 140 дней и встретил на орбите 21 век.