У Арнетта есть две старшие сестры и младший брат. С 1994 по 1995 был женат на актрисе Пенелопе Энн Миллер. В 2000 году начал встречаться с актрисой Эми Поулер, в 2001 переехал в Нью-Йорк, когда она стала актрисой в комедийном шоу «Субботним вечером в прямом эфире». 29 августа 2003 Арнетт и Поулер поженились. Они вместе сыграли в фильмах «Лезвия славы: Звездуны на льду» и «Весенний отрыв», а также принимали участие в озвучивании мультфильмов «Хортон» и «Монстры против пришельцев». У них два сына — Арчибальд Уильям Эмерсон «Арчи» Арнетт (р. 25.10.2008) и Абель Джеймс Арнетт (р. 06.08.2010).