Известен, прежде всего, как автор самого амбициозного из когда-либо предлагавшихся проектов изучения языка. Разработал черновой вариант универсального языка (универсальные письмо, словарь, грамматику и фонетику). Один из предсказателей механического воздухоплавания и возможности путешествия людей на Луну.
Уилкинс был епископом в Честере, ректором Уодхемского колледжа в Оксфордском Университете и зятем Кромвеля. Его труды имеют религиозно-назидательный характер и почти все фантастичны и утопичны. Первая его книга «Открытие мира на Луне или рассуждение, в котором доказывается, что эта планета возможно обитаема» (1638 год). В третье издание этой книги в 1640 была включена глава о реальности путешествия людей на Луну. «Математическая магия» (1648) Дж. Уилкинса состоит из двух книг «Архимед» и «Дедал». Во второй из них рассказывается, что некий английский монах в XI веке, пользуясь механическими крыльями, совершил полёт с самой высокой колокольни одного испанского собора. В дальнейших примерах и рассуждениях о «летучих людях» совершенно недвусмысленно описывается некая металлическая конструкция, весьма напоминающая, как аэроплан, так и моноплан в нашем современном виде. Его объёмный трактат «Опыт о Подлинной символике и философском языке» (1668) содержит систематический каталог Вселенной, на основе которого создан единый интернациональный язык, — предтеча эсперанто.
В 1937 была уничтожена часть соседнего городка Кренфорд, в том числе здание того самого ректората постройки XIV века, в котором некогда жил и творил Джон Уилкинс, мечтавший о воздухоплавании. Причиной для сноса стало расширение военного аэродрома в Хестоне.
Упоминание о нём содержится в кратком сборнике статей Хорхе Луиса Борхеса Борхес, Хорхе Луис «Тексты — пленники».