Учился в Буэнос-Айресском университете, познакомился с Борхесом. По стипендии Национального художественного фонда в 1959 уехал во Францию, где с тех пор и живет. Работал ассистентом режиссёра у Робера Брессона, в частности – на фильме Процесс Жанны д’ Арк. Выступал как театральный режиссёр и хореограф. Снимался в фильмах Рауля Руиса, Эдгардо Козаринского.
В конце 1970-х и в 1980-е годы работал над «аудиовизуальными объектами», своего рода театрализованными церемониалами – телевизионными фильмами по драматическим и оперным постановкам. В дальнейшем сосредоточился на документальных фильмах об искусстве и словесности – Морисе Бланшо (1998, с участием Э.Левинаса и Ж.Дюпена), Бетховене (1999), бразильской певице Марии Бетании (2001). В 2002 вернулся к сюжетному кино, сняв фильм Волк с Западного берега. В настоящее время работает над полнометражным игровым фильмом Прощай, который должен завершить трилогию о вымышленном городе Аквилея (фантастический, мифологизированный Буэнос-Айрес), о родине и изгнании, начатую фильмом Вторжение и продолженную Тротуарами Сатурна.
Работы Саньяго - всегда эксперимент и прежде всего жанровый, то есть относящийся к самой природе кинореальности, трактовке времени и пространства, вещной среды и невещественной атмосферы, мотивации и пластики героев: его интересует, в первую очередь, соединение фантастики с документальностью, неотъемлемое от языка кино.