Бони родился в Чауру, Боргу, Департаменте северного района, французской колонии Дагомеи. Он получил образование в областном центре, Параку, а затем учился на экономическом факультете Национального университета Бенина. Он изучал банковское дело в в Дакаре, Сенегал, а затем экономику и политику в Орлеанском Университете во Франции и в Университете Парижа, где он получил докторскую степень по экономике в 1976 году.
Бони с 1980 по 1988 годы работал в Центральном банке государств Западной Африки, став заместителем директора в штаб-квартире, расположенной в Дакаре. В 1988 году он стал заместителем директора Центра банковских исследований по профессиональному развитию в Западной Африке, в Дакаре. С 1992 по 1994 он работал в кабинете президента Бенина Нисефора Согло, ответственный за денежно-кредитную и банковскую политику. Наконец, в 1994 он был назначен председателем Западно-африканского банка развития (ЗАБР). За работы в банке развития Западной Африки он был удостоен национальным орденом за заслуги Французской Республикой.
В первом туре президентских выборов, состоявшихся 5 марта, за Бони было отдано 32 процента голосов. Его ближайший соперник, Адриен Хунгбеджи из Партии за демократическое обновление, получил 25 процентов. Остальные двадцать шесть кандидатов принявших участие в выборах получили меньшее количество голосов. Во втором туре выборов прошедшем 19 марта; Бони победил набрав 75 процентов голосов избирателей.
Родом из мусульманских семьи, Бони сейчас перешел в протестантство. Он имеет пятерых детей и его жена Шанталь (урожденная де Соуза), уроженка прибрежного города Ouidah, является племянницей бывшего политика Поля-Эмиля де Соуза.
15 марта 2007, Яи Бони выжил после покушения на него. На Бони покушались из засады на его охрану недалеко от деревни Икемон при возвращении с митинга после избирательной кампании в городе Ouesse на парламентских выборах 2007 года. Нападавшие перекрыли дорогу сбитыми деревьями и обстреляли автомобиль, в котором должен был находиться Президент, однако президент Бони в тот день ехал в другой машине. Некоторые из его охраны были ранены в ходе перестрелки между президентской охраной и теми кто покушался на президента. Однако эта информация остается не полностью достоверной, так как все источники о покушении приходят из официальных источников президентской администрации. Проверка такой информации по-прежнему невозможна на сегодняшний день.