Дебютировал в бундеслиге 3 мая 2009 года в матче против «Кёльна». Матч закончился поражением «Вердера» со счётом 0:1, а Пертель вышел на замену на 72-ой минуте вместо Нимайера. В августе 2010 года отдан в аренду сроком на 1 год в австрийский «Штурм».