Родился в семье еврейского торговца, который обучал его древнееврейскому языку. После блестящей учёбы в Гёттингенском университете провёл год в Мюнхене, где слушал лекции Шеллинга и Тирша. Затем был учителем во Франкфурте. В 1834 назначен приват-доцентом Гёттингенского университета. Принял христианство.
Занимался сначала классической и семитской филологией, позже его интерес сместился к санскриту, который он выучил за несколько недель. В 1848 опубликовал издание Сама-веды, в 1852-1854 руководство по санскриту (с грамматикой и хрестоматией), в 1858 практическую грамматику санскрита, а в 1859 знаменитое издание «Панчатантры», в обширном предисловии к которому проследил миграцию сюжетов оттуда в большом количестве национальных фольклорных традиций и литератур.
Вместе с тем Бенфей декларирует индийское происхождение всего сюжетного фонда прозаического фольклора, за исключением басен о животных, которые он на основе басен Эзопа возводит к античности: «Рассказы и в особенности сказки оказываются первоначально индийскими … Мои исследования в области басен, сказок и рассказов Востока и Запада привели меня к убеждению, что лишь немногие басни, но большое число сказок и рассказов из Индии распространилось почти по всему свету».
Новый метод (называемый «теорией заимствований», «теорией миграции» или «индианизмом») быстро стал распространяться по всей Европе, включая Россию. Бенфеем был основан журнал «Orient und Occident» («Восток и Запад»), специально посвящённый изучению восточных влияний.
В 1862 он получил наконец звание ординарного профессора, в 1866 опубликовал санскритско-английский словарь, а в 1869 написал историю немецкой филологии (особенно восточной). В эти же годы выучил русский язык, чтобы перевести труд В. П. Васильева по буддизму.