Первой его примечательной работой стал ваншот 500 K?nen no Kaiwa, за который в 1985 году он был награждён премией Тэдзуки. Присоединившись к команде «Weekly Shonen Jump», он работал под руководством Макото Нивано пока не создал свою первую серию: «Cyborg Jii-chan G» в 1989 году. В дальнейшем Обата работал вместе с писателями над их историями. В конце концов с 1998 года он совместно с Юми Хотта начал работу над «Hikaru no Go», сделавшей его имя известным.
Как художник «Hikaru no Go» он получил премию издательства Shogakukan в 2000 году и премию Осаму Тэдзуки за вклад в культуру в 2003 году.
С декабря 2006 года по июль 2007 он работал над мангой «Blue Dragon Ral Grad», адаптацией фэнтезийной видеоигры «Blue Dragon».
В конце 2007 года он нарисовал короткую историю «Hello Baby» в соавторстве с писателем Масанори Моритой. История была напечатана в «Jump Square». После этого последовал ваншот в сотрудничестве с Нисио Исин. В августе 2008 года Обата начал работу над новой серией вместе с Цугуми Оба — «Bakuman».
Кроме работы над мангой Такэси Обата также создал дизайн персонажей к видеоигре «Castlevania Judgment».
Номинировался на Eisner Award 2008 года как «Лучший художник» за работу над «Тетрадью смерти» и «Hikaru no Go».