Хонда начал заниматься шорт-треком со своим братом когда ему было 9 лет, но вскоре перешёл в фигурное катание. Для человека так поздно начавшего заниматься фигурным катанием он удивительно быстро прогрессировал и в 14 лет выиграл чемпионат Японии став самым молодым его победителем. Кроме того, Хонда стал первым победителем самого первого из проводившихся чемпионатов Четырёх континентов в 1999 году.
Хонда переехал из Японии сначала в США к тренеру Галине Змиевской, а позже в Канаду для работы с Дугом Ли.
В 2002 году Хонда выиграл бронзовую медаль на чемпионате мира (первая медаль мужчин-одиночников со времен Минору Сано) и стал четвёртым на Олимпиаде.
Хонда завершил спортивную карьеру в 2005 году после травмы на тренировке в ходе подготовки к чемпионату мира.
WD=снялся с соревнований