Историей Армении Сурен Айвазян увлёкся в 1960-е годы, намереваясь доказать исключительную древность армянского народа. Встречаясь с академиком Пиотровским, участвовавшим в раскопках древнего урартского города Тейшебаини, он вступил с ним в дискуссию относительно реальности мифологической древней Армении, описанной у Мовсеса Хоренаци. Согласно воспоминаниям Айвазяна, Пиотровский тогда сказал ему: «как геолог, Вы знаете, что ни один природный процесс не происходит бесследно. Если, как Вы утверждаете, древнейшая Армения Мовсеса Хоренаци существовала, то укажите мне археологический объект в Армении, который это подтверждает».
Сурен Айвазян выбрал в качестве такого объекта древний памятник бронзового века Мецамор, а для доказательства его связи с Арменией опубликовал подложные прорисовки монет с якобы хайасскими (древнеармянскими) иероглифами, отнеся их к XIX веку до н. э. и снабдив их собственными «переводами». Однако в ходе проверки в отделе нумизматики Исторического музея Армении в 1968 году выяснилось, что эти монеты были выпущены в обращение атабеками Азербайджана из династии Ильдегизидов в 1133—1225 гг. н. э.. В этой же статье Айвазян опубликовал «хайасские надписи», обнаруженные им на скалах Мецамора, которые после проверки, проведенной в 1968 году профессором В. А. Крачковской, оказались знаками куфического арабского письма XIX века нашей эры. Фальсификации, тем не менее, успели просочиться в авторитетные научные журналы, включая чехословацкий «New Orient» (статья Б. Мкртчяна «The Mystery of Metsamor» № 3, VI, 1967) и журнал «Anatolian Studies» (том XVIII, 1968), а также в популярную печать Армении — газету «Комсомолец» от 15 ноября 1968 года и в журнал «Гарун» (№ 1, 1969). В этих изданиях Айвазян утверждает:
Таким путём Сурен Айвазян породил одну из концепций армянской принадлежности Урарту, ради которой, помимо вышеописанных «свидетельств» материальной культуры, осуществил в 1963 году «перевод» урартских клинописных памятников, якобы с древнеармянского языка. Б. Б. Пиотровский отмечает, что, выполняя эту работу, Айвазян не знал, что повторяет труд А. Мордтмана, который в середине XIX века пытался переводить «по-армянски» все клинописные памятники Месопотамии — труд, давно отвергнутый наукой.
Несмотря на всплывший подлог и ошибки, Сурен Айвазян продолжает активно публиковать результаты своих «исследований» в популярной печати, например, включая их в свою книгу «История России. Армянский след», которая издавалась в Москве в 1997 и в 2000 годах.
Сурен Айвазян опубликовал ряд неожиданных утверждений, касающихся истории Руси. В частности, он утверждает, что родиной проторусских, появившихся, по его утверждениям, во II тысячелетии до н. э., является Армянское нагорье, что название «Тбилиси» — калька с руссого «теплица», а «Лиси» — «лисьего», что армянин Смбат Багратуни основал Киев в 585 году н. э., что христианские соборы Киева и Новгорода построены армянскими зодчими в X—XI веках, что именно армяне ввели христианство на Руси, а также что настоящее имя Юрия Долгорукого было Геворг Багратуни. При этом среди посылов для этих утверждений, согласно Айвазяну, выступает тот факт, что гора Малый Арарат похожа по форме на женскую грудь, а другое название этой горы «Сис» созвучно с русским словом, также обозначающим женскую грудь, а также якобы имевшее место (однако не задокументированное в научной литературе) обнаружение на Армянском нагорье «славянских черепов», датируемых Айвзяном II тысячелетием до н. э..
В своих работах Сурен Айвазян негативно высказывается по отношению к народам — соседям Армении. В частности, он считает, что слово «грузин» возникло в связи с тем обстоятельством, что грузины ранее всегда работали грузчиками у русских. Турки, по мнению Айвазяна, — «психически ненормальный народ, в генах которого заложено варварство, психопатия и патологический садизм» .
Согласно исследованиям Айвазяна в области археологии, истории и лингвистики, англосаксы являются выходцами из Армении, переселившимися на Британские острова в XV—X веках до н. э. из области Англ-тун провинции Четвёртая Армения края Великая Армения.
Многие соотечественники относятся к деятельности Сурена Айвазяна крайне негативно. Например, Ашот Мелконян, доктор исторических наук, директор Института истории НАН РА, считает, что книги Айвазяна «компрометируют армянский народ».
По мнению публициста К. Микаэляна, «Ни один здравомыслящий историк, этнолог и культуролог в Армении не принимает всерьез опусы С. Айвазяна. К сожалению, Айвазян и подобные „историки“ в патриотическом экстазе не понимают провокационную опасность своих, по их мнению, чрезвычайно полезных исторических трудов».
В годы перестройки Сурен Айвазян стал активистом Народного фронта Армении и подписал ряд обращений к советскому руководителю М. С. Горбачёву с требованиями передачи Армении Нагорного Карабаха.
В 2001 году Сурен Айвазян обратился с письмом к английской королеве Елизавете II с требованием вернуть Армении казну, состоящую из сокровищ Киликии, которую Левон VI, по некоторым данным, оставил на хранение английскому королю Эдуарду III (1327—1377). По мнению Сурена Айвазяна, предки королевы Елизаветы II жили в ущелье, где выращивался виноград, а это вытекает из того, что по-армянски фамилия нынешней британской королевской династии Виндзор означает «виноградное ущелье».