Станислав Белковский родился в 1971 году в Москве. Окончил факультет экономической кибернетики Московского института управления, после чего работал системным программистом в Госкомнефтепродукте РФ. Затем начал заниматься политическим консультированием, сотрудничая с такими фигурами как Константин Боровой и Лев Вайнберг.
В 2002 году учредил некоммерческую организацию Совет по национальной стратегии. В 2003 году организация опубликовала ряд докладов: «Государство и олигархия» (9 июня), «Новая вертикаль власти» (22 сентября). Публикация доклада «Государство и олигархия», в котором, в частности, говорилось о якобы готовящемся российскими олигархами государственном перевороте, совпала с началом уголовного преследования компании «ЮКОС» и её руководителей (глава «ЮКОСа» Михаил Ходорковский назывался авторами доклада в числе заговорщиков).
С 2004 года возглавляет организацию Институт национальной стратегии, объединяющую группу российских политологов.
Белковский является автором докладов «Одиночество Путина», «Одиночество Путина — 2».
Борис Березовский характеризовал Белковского так: «Он хорошо образован. Он креативен, то есть креативен, когда дело идет о черном пиаре… и при этом он себя не переоценивает».
Был прототипом главного героя романа Александра Проханова «Политолог» (2005). На презентации романа в издательстве «Ультра.Культура» Белковского внесли в зал и, положив на кучу мусора, засыпали обрывками газет (в финале произведения героя убивают и хоронят на мусорной свалке). Презентацию посетил адвокат Ходорковского.