Начав карьеру в «Васко да Гама», Андерсон перебрался в Европу, подписав контракт со швейцарским клубом «Серветт» (Женева). После двух лет удачной игры в Швейцарии его приобрёл французский «Олимпик» из Марселя.
Дебютировав во Французской Лиге в январе 1994 года, всего за шесть месяцев Сонни обратил на себя внимание скаутов ведущих французских клубов. Перейдя в 1994 году в «Монако», Андерсон становится лучшим бомбардиром и чемпионом Франции-1997. Однако именно для Лионского «Олимпика» Андерсен станет настоящим символом.
В 1997 игрок, перейдя в «Барселону», оказался на скамейке запасных. Президент Лионского «Олимпика» Жан Мишель Ола решает провернуть крупную сделку и покупает Андерсона за 120 миллионов франков. Оказавшись в Лионе, Сонни сумел поднять «Олимпик» к вершине. Два последних года в клубе, хотя и в качестве чемпиона Франции, были отмечены многочисленными травмами. Играл позднее за испанский «Вильярреал». Закончил карьеру в Катаре.
С 2007 года является тренером нападающих молодёжного состава (14-18 лет) лионского «Олимпика».
С 4 июля 2008 года Сонни вошёл в основной тренерский штаб «Лиона» и стал тренером нападающих.