Младшая сестра императрицы Елизаветы Австрийской, девятый ребёнок и пятая дочь в семье герцога Баварского Максимилиана и герцогини Баварской Людовики, принцесса Баварская София, большую часть своего детства провела в замке Поссенхофен вблизи от Мюнхена. После того, как все её сестры вышли замуж, в 1861 она осталась единственной дочерью, которая жила вместе с родителями. Она дружила с Людвигом Баварским, который в 1864 году должен был получить титул короля Людвига II Баварского. Их объединяла любовь к музыке Рихарда Вагнера и к природе. Так как София имела прекрасный голос и хорошо играла на пианино, она часто пела для Людвига арии из опер Вагнера.
София приходилась свояченицей австрийскому императору Францу Иосифу I, и недостатка в женихах у неё не наблюдалось. Среди них — герцог Филипп Вюртембергский, принц Луи Португальский и, наконец, Людвиг Виктор Австрийский, брат императора Австрийской империи. Но София не могла решиться на этот шаг, и ей удалось уговорить отца повременить с этими планами.
Отношения между Людвигом и Софией продолжались. Но мать Софии (сестра деда Людвига I) считала эти отношения неприличными, и, в конце концов, запретила их. Тогда Людвиг решил жениться на кузине своего отца. 22 января было сообщено о помолвке. Во время приёма в дворцовом театре Людвиг пригласил Софию к себе в королевскую ложу, и она заняла место рядом с ним. Правда, очень скоро Людвиг стал сомневаться в правильности принятого решения. Он боялся связывать себя браком и отложил дату свадьбы на октябрь, которая сначала была запланирована на 22 августа 1867. Герцог Макс Баварский, отец Софии, написал Людвигу письмо, в котором просил его сдержать обещания жениться, так как он считал, что неоднократная отсрочка свадьбы компрометирует его дочь. Вскоре после этого Людвиг написал Софии письмо, которое содержало упрек: «Твой жестокий отец хочет разлучить нас». И Людвиг расторг помолвку.
Три дня спустя после своей помолвки с Людвигом Софии познакомилась в фотоателье Франца Ханфштенгля с его сыном Эдгаром. Эдгар Ханфштенгль родился в Мюнхене в 1842. Он обучался профессии коммерсанта в городе Штеттин и в Англии. Эдгар долгое время жил в Азии, где он работал в фирме «Кларк», которая занималась торговлей чаем. Одновременно он помогал отцу вести дела его фотоателье и позже полностью взял на себя отцовское дело. Эдгар был полной противоположностью благородного, замкнутого в себе Людвига, и, возможно, это послужило причиной того, почему Эдгар так привлек Софию. Вероятно, оба были знакомы и раньше, так как отец Эдгара был желанным гостем на проводимых герцогом Максом так называемых встречах «рыцарей круглого стола короля Артура», где собирались местные учёные и художники. Так как София была невестой короля, необходимо было делать большое количество фотографий с её изображением, которые Эдгар постоянно привозил в Поссенхофен. Таким образом, молодые люди сблизились и влюбились друг в друга. Но из-за этого у Софии появились большие проблемы. При содействии двух придворных дам, Натали фон Штернбах и «Тони» (Антония) Пфретцшнер, они могли тайно встречаться. Каждый раз им было очень сложно устроить новую встречу, потому что они должны были все сохранять в тайне. Ведь никто не должен был узнать, что будущая королева Баварии имела связь с простым человеком. Эти встречи, которые происходили отныне более или менее регулярно, осуществлялись попеременно в замке Пэль, во дворце в Мюнхене и в самом Поссенхофене.
Сохранились пять любовных писем, которые София написала Эдгару в период с июля по август 1867. Эрна Ханфштенгль, единственная дочь Эдгара, опубликовала эти письма. София же писала: «мир никогда не должен знать, что происходит между нами, никто не должен бессердечно судить о нас». И сам Эдгар ещё при жизни дал указание сжечь письма Софии. Тем не менее этого не произошло. Хайнц Гебхардт, которому в 1980 году Эрна Ханфштенгль отдала письма, опубликовал их в своей книге «Король Людвиг II и его сожжённая невеста».
Тем временем герцогиня Людовика продолжала поиски жениха для Софии, чтобы как можно скорее забыть позор, вызванный расторгнутой помолвкой. В мае в Поссенхофене побывал герцог Фердинанд Алансонский, внук короля французов Луи-Филиппа. Людовика устроила встречу Фердинанда и Софии в Саксонии, где в то время находился Фердинанд. Фердинанд, который был очарован Софией, уже 19 июня 1868 попросил её руки. 29 июня 1868 Фердинанд приехал в Поссенхофен, чтобы познакомиться с родителями невесты. 28 сентября 1868 в одном из залов замка Поссенхофен, который в спешке был превращен в часовню, состоялось бракосочетание.
Уже вскоре молодожены покидают Поссенхофен, чтобы после посещения нескольких родственников отправится в «Буши Хауз» (Bushy House) в Теддингтоне, где пара должна была жить в дальнейшем. Причиной этому послужил тот факт, что после революции 1848 года членам французского королевской семьи было запрещено въезжать на территорию Франции, поэтому София и Фердинанд вынуждены были жить в эмиграции в Англии. Вскоре выяснилось, что молодой супруг не только страстно любил Софию, но и жестоко обращался с ней. Единственными друзьями Софии на чужбине были её горничная Надина и её духовник Пьер. 19 июля 1869 в «Буши Хауз» на свет появляется дочь Софии Луиза Виктория. 18 января 1872 София родила сына, которому дали имя Филипп Эмануэль.
Снова и снова София пишет любовные письма Эдгару Ханфштенгелю, на которые она не получает ответ, потому что Ханфштенгель уехал в Китай, чтобы забыть Софию. София сбегает в монастырь её духовника в Париж, но супруг быстро находит её и возвращает в Англию. Когда Ханфштенгель после возвращения из Китая находит письмо Софии, то сразу же записывается военным фотографом в один из баварских полков, участвующих в только что развязавшейся войне между Германией и Францией.
Тем временем Фердинанд должен был подготовить свой замок для размещения в нем немецких солдат. Когда он случайно обнаружил любовные письма Софии, он решил отправить жену в лечебницу для душевнобольных. Софии отправляют в Грац к австрийскому ученому-сексопатологу Рихарду фон Краффт-Эбингу. При помощи ледяных ванн и других жестоких методов лечения он должен был вылечить Софию от её сексуальной одержимости, которой она якобы страдала.
Спустя несколько мучительных недель Софии удаётся тайно сбежать из лечебницы, и она добирается до Поссенхофена, где узнает о смерти своего отца. София возвращается во Францию и посвящает свою жизнь благотворительности в монастыре её бывшего духовника Пьера. 4 мая 1897 София погибла во время пожара на благотворительной ярмарке по случаю Всемирной выставки на улице Жана Гужона в Париже. Её гроб был перевезен в усыпальницу Бурбонов во французском городе Дрё. в кинематографе о ее судьбе рассказывает фильм "Софи, страстная принцесса"