Происхождение С. Будного не выяснено достоверно. Он является уроженцем либо Мазовии либо ВКЛ. Закончил Краковскую академию, учился в Италии, Швейцарии, был одним из наиболее образованных людей своего времени. С. Будный глубоко проникся реформационными идеями, и вскоре между тогдашними новаторами прослыл человеком высокого образования и неутомимой деятельности. Поэтому виленский воевода князь Николай Радзивилл, по прозванию Чёрный, заложивший около 1552 года соборную церковь кальвинского, или, как тогда называли еще, гельвецкого вероисповедания в Клецке, вызвал из Польши на место пастора Будного. С. Будный вместе с Матвеем Кавечинским, наместником несвижским, и тамошним пастором Вавржинцем Кржижковским, с 1562 года начал издавать сочинения на польском, латинском и белорусском языках с целью, главным образом, распространения своего учения. Затем, побуждаемый Кавечинским и Кржижковским, С. Будный занялся переводом всей Библии на польский язык, которую и напечатал в Несвиже в 1570 году и во второй раз — в 1572 году.
С. Будный недолго оставался усердным кальвинистом: не найдя в учении Кальвина того, чего искал, он перешёл в лагерь социниан и усердно начал распространять социнианское учение по Литве. Когда Николай Радзивилл начал убеждать его бросить новое учение, С. Будный окончательно порвал всякую связь с кальвинизмом и перебрался в Лоск, имение Яна Кишки, старосты жмудского и литовского кравчего, владельца 70 городов и 400 селений. Здесь он опять начал издавать сочинения на польском и латинском языках. В этих сочинениях рассеяно было множество до того новых и смелых мнений, что они произвели сильный переполох в обществе, и с этого времени Симона Будного стали считать основателем новой секты, которую называли эбионитско-литовской.
С. Будного обличали в том, что при переводе он по своему усмотрению расширял или сокращал текст евангелистов, вообще очень ловко изменял текст с целью оправдания своего учения. Например, он отобрал 26 цитат из Священного Писания, изменив их по своему усмотрению с целью доказать, что Иисус Христос не только не был Богом, но что и рождение Его не имело характера таинства, так что Ему не следует воздавать божеских почестей и т. д. Одарённый от природы быстротой и силой мысли, хорошо образованный, зная много древних и новых языков, отличаясь необыкновенным писательским талантом, С. Будный стал приобретать в Речи Посполитой множество сторонников своего учения.
В 1582 году в Луславицах состоялся собор, на котором постановлено отстранить С. Будного от исправления духовных обязанностей, под страхом сурового наказания. Это заставило Симона Будного публично отречься от своих взглядов. В 1583 году он издал книгу «Про светскую власть», где описал историю своих социальных и религиозно-философских разногласий с «левыми» про отношение к феодальному обществу и государству, за что в 1584 году был исключён из братской общины. В конце 1580-х Будному пришлось примириться с ними. В 1589 году в Полоцке Будный полемизировал с иезуитскими теологами, опровергая их убеждение о бессмертии души. Умер Будный в Вишневе в 1593 году.