Мустафи начинал карьеру в «Гамбурге».
После чемпионата Европы для юношей до 17 лет в мае 2009 года, где вместе со сборной стал чемпионом, привлёк внимание скаутов «Эвертона», с которым летом подписал контракт на 3 года.
В составе английского клуба дебютировал в декабре 2009 года в матче Лиги Европы против БАТЭ.
Юношеская сборная Германии (до 17 лет)
По состоянию на 1 января 2011 года.