Родился в 1971 году в Уитоне, пригороде Чикаго (США, штат Иллинойс). Изучал архитектуру и работал в качестве дизайнера в течение нескольких лет, прежде чем стать аниматором. Его первый фильм «Hangnail», был представлен на UCLA Animation Workshop, и демонстрировался на международном фестивале Animac Film в Испании и Brisbane International Animation Festival в Австралии. Шейн Экер учился в Университете штата Флорида, где он получил степень бакалавра в области архитектуры в 1994 году, и Калифорнийском университете, где он получил степень магистра архитектуры в 1998 году. Работал над спец-эффектами фильма Властелин колец: Возвращение короля. В настоящее время он получает степень Мастера изящных искусств () в области анимации в Калифорнийском университете в Лос-Анджелесе (UCLA).