Шарлотта была старшей дочерью герцога Фридриха Саксен-Гильдбурггаузенского (1763—1834), получившего в 1826 году титул герцога Саксен-Альтенбургского, и принцессы Шарлотты Мекленбург-Стрелицкой (1769—1818). Одной из её крёстных была императрица Екатерина II. Поэт Фридрих Рюккерт посвятил ей и её сестрам Терезе и Луизе стихотворение «Mit drei Moosrosen».
28 сентября 1805 года Шарлотта вышла замуж за принца Павла Вюртембергского. К сожалению, брак Шарлотты и Павла, не был счастливым. Принц любил удовольствия и имел много фавориток. Тем не менее, в браке родилось пять детей :
Павел, поссорившись с братом, вскоре покинул Вюртемберг и отправился в Париж, оставив Шарлотту, но разрешение на развод от короля Вильгельма I супруги не получили. Принцесса вернулась в Хильдбургхаузен. Шарлотта умерла 12 декабря 1847 года.
Шарлотта приходилась бабкой Софии Нассауской, будущей королеве Швеции.