Родился в Лозанне 19 января 1815 года. В 1836 году прослушал в Мюнхене курс лекций Шеллинга, в 1838—1845 преподавал философию в Лозаннском университете, в 1845 в связи с политическими событиями в кантоне Во был уволен и в 1850—1866 преподавал в колледже в Нёвшателе. Вернулся на свою кафедру в Лозанну, где проработал до конца жизни. Секретан не только играл важную роль в интеллектульной и моральной жизни своей страны, но оказал известное влияние и на французскую культуру, с которой он был тесно связан, в частности на французский протестантизм. В 1883 стал членом-корреспондентом Академии юридических и политических наук Франции. Умер в Лозанне 21 января 1895.
По своим философским воззрениям Секретан близок к традиции французского спиритуализма. Основные идеи его концепции, складывавшейся под влиянием Баадера, Декарта, Канта и Вине, изложены в книге Философия свободы (Philosophie de la libert?, 1848—1849), где он предпринял оригинальную попытку согласовать догматы христианской веры с принципами рационалистической философии. В духе традиций протестантизма и либеральных идей, которые защищал А.Вине, Секретан подчеркивал значение ценностей личной свободы, солидарности и любви, видя в них ключ к решению социальных проблем. Главным для него стало понятие свободы, которое лежит в основе его теологии и метафизики, а также связывает последнюю с моралью.
Секретан утверждал, что Бог не только суверенно свободен и является источником высших истин, но представляет собой чистую свободу как таковую. Существование Бога определяется, по Секретану, лишь его свободной волей; в своей абсолютной свободе Бог доходит до самоограничения в акте творения мира. Духовная и социальная солидарность, подчинение нравственному закону делает из индивидов, обособленных и рассеянных в мире вследствие грехопадения, свободных и ответственных личностей.
Первоначально философии Секретана был свойствен определенный пессимизм, но постепенно, под влиянием эволюционистской теории, он уступил место иным настроениям; Секретан все больше склонялся к концепции бесконечного прогресса. Эволюционизм оказал воздействие и на его трактовку религиозных проблем. Так, он утверждал, что догматы теологии не вневременны, а претерпевают изменение в ходе исторического развития. Секретан проявлял интерес к социальным проблемам, настаивая на необходимости равного распределения благ в обществе, отмены классовых привилегий, равноправия женщин.