Его матерью была королева Гортензия, супруга Людовика Бонапарта. Луи-Наполеон Бонапарт, будущий Наполеон III, был третьим сыном Гортензии Богарнэ, а Морни — чётвёртым. Морни был рождён от связи Гортензии с её шталмейстером, генералом Шарлем де Флао. Некий Деморни, который согласился дать своё имя ребёнку, возможно, вымышленное лицо. В официальном свидетельстве о его рождении указано, что он появился на свет в Париже 21 октября 1811 года, от неизвестного отца. На самом деле Морни родился в Сен-Морис-ан-Вале (Швейцария), 15 сентября 1811 года.
Имя Шарль было дано ребёнку в честь знаменитого Шарля Мориса де Талейрана, который, вероятно, приходился ему дедом. О своём происхождении герцог де Морни шутил: «В моём роду были бастарды от матери к сыну на протяжении трёх поколений. Я правнук великого короля , внук епископа, сын королевы и брат императора».
Воспитанный бабушкой по отцу, португальской аристократкой Аделаидой де Соуза (супругой дипломата Жозе Марии Ботельо де Соуза) Морни не без блеска начал свою карьеру во время Июльской монархии, приняв участие в завоевании Алжира.
Вскоре Морни подал в отставку и купил завод по переработке сахарной свеклы в Клермоне. Это приобретение позволило ему участвовать в выборах и 9 июля 1842 года он стал депутатом от департамента Пюи-де-Дом. Морни также основал железнодорожную компанию Гран-Сентрал.
Будучи переизбран в парламент в 1849 году, Морни поддержал политическую линию своего брата Луи Наполеона, который незадолго до того стал президентом Второй республики. С 1852 года вплоть до своей смерти Морни был членом генерального совета департамента Пюи-де-Дом.
Морни являлся одним из главных участников государственного переворота 2 декабря 1851, в результате которого президент объявил себя монархом. После переворота Морни недолго (с 2 декабря 1851 года по 22 января 1852 года) занимал пост министра внутренних дел, однако вскоре вышел в отставку из-за разногласий по вопросу о конфискации имущества Орлеанской династии.
Благожелательное отношение Морни к родственникам короля Луи-Филиппа не помешало его карьере при Второй империи. Наполеон III шутя говорил: «Как же тут править? Императрица — легитимистка, принц Наполеон — республиканец, Морни — орлеанист, сам я — социалист. Единственный бонапартист среди нас Персиньи, но у него, признаться, не все дома».
С ноября 1854 до мая 1856 и с 1857 по 1865 Морни был президентом Законодательного корпуса. С мая 1856 по август 1857 состоял французским послом в Петербурге, где в продолжение семейной традиции союзов с бастардами женился на княжне Софье Трубецкой (предположительно дочери Николая I).
Морни всегда был доверенным советником сводного брата, умело пользовался выгодами своего положения и участвовал в рискованных финансовых операциях. Того обстоятельства, что в каком-либо предприятии фигурировал Морни, уже было достаточно для привлечения капитала. Во время реконструкции Парижа под руководством барона Османа, Морни скупал землю и здания, через которые должны были пройти новые бульвары, а затем продавал их государству по завышенной цене. Морни был одним из тех, кто убедил Наполеона предпринять военную экспедицию в Мексику под предлогом возвращения французских займов.
В то же время Морни раньше многих других лиц из окружения императора понял необходимость поворота к более либеральной политике, благодаря ему Эмиль Оливье сделал первый шаг к сближению с Империей.
Скончался скоропостижно 7 марта 1865, не дожив до катастрофического завершения войны в Мексике и падения Второй империи, в создании которой он участвовал. Его с Софьей Трубецкой дочь Матильда (названная в честь двоюродной сестры императора) скандально известна как Мисси, возлюбленная Колетт и Лианы де Пужи. Она умерла в 1944 году.
Морни писал водевили под псевдонимом de Saint-R?my. Также он был автором воспоминаний, выдержки из которых (Une ambassade en Russie. 1856) были опубликованы в Париже в 1891 году.
Альфонс Доде, секретарь Морни, изобразил его под именем Мора в романе «Le Nabab» («Набоб», 1877). Эмиль Золя вывел Морни под именем графа де Марси в романе «Его Превосходительство Эжен Ругон» (1871).