Шахмурад родился в 1749 году в семье представителя узбекской аристократии Даниялбия (1758-1785). Он старшим из его одиннадцати сыновей. Шахмурад был любимым сыном отца, который ласково называл его Бегиджан. Его политическая деятельность началась ещё при жизни Даниялбия. Вначале он был наместником в Кермине, затем в Карши. Под влиянием своего духовного наставника Шейх Сафара Шахмурад серьёзно вдался в суфийское учение. Он запирался в мечети и занимался религиозной медитацией. Отказ от богатства, оставленного ему в наследство отцом, он мотивировал тем, что оно получено насилием. Тем не менее, в 1780-1781гг. он был назначен правителем Самарканда и приложил много усилий к восстановлению города. За скромный образ жизни народ прозвал его Эмиром Масумом, что означало безгрешный эмир.
Первым серьёзным мероприятием Шахмурда стал разгром шахрисябзского правителя Нияза Али, который пытался захватить Бухару, воспользовавшись смертью Даниялбия. Шахмураду даже удалось отнять у него часть территории, которой тот ранее владел. С этого момента Шахмурад считался официальным правителем государства. В первый же год царствования Шахмурад провел денежную реформу, в результате которой появилась новая монетная система с совершенно иным типом монет. Монета приобрела почти что светский характер, причем это произошло в государстве, насквозь проникнутом влиянием духовенства. Шахмурад выпускал монеты в честь покойного отца Данияла. На его монетах впервые появился титул «эмир». По свидетельству Мирзы Шамса Бухари, Шахмурад не допускал, чтобы имя его упоминалось на хутбе или изображалось на монете на том основании, как говорил он, что «мы не царского рода, предки наши простые узбеки».
Шахмурад упразднил роскошный двор, а вместо него учредил зал суда, где заседали сорок судей, под непосредственным руководством Шахмурада. Согласно одним сведениям, суд заседал по понедельникам и пятницам. Каждый судья имел на руках книги, написанные Шахмурадом. Можно предположить, что это были книги по юриспруденции. Труды Шахмурада до наших дней не дошли. Никто независимо от его политического и экономического положения не имел права не прийти в зал суда если был вызван туда. Присутствовали как высокие чины, так и рабы. Таким образом, амир Шахмурад провел судебную реформу. Шахмурад отменил многие налоги, кроме налогов с иностранных товаров, джизьи и закята.
Старшего сына Хайдара Шахмурад назначил правителем Каршей, а 3-ий сын – Мухаммад Хусейн стал править Самаркандом. Шахмурад смог возродить за 2-3 года запустевшие в годы междоусобиц медресе Бухары и Самарканда.
Ахмад Дониш в своей книге "История мангытской династии" приводит следующий любопытный эпизод из жизни эмира.
Под данным Малькольма, всеобщее почитание узбеками Шахмурада позволило ему совершить ряд успешных походов. Армия его состояла в основном из кавалерии, и с её помощью он подчинил все сепаратистские владения. Шахмурад сам стоял во главе армии во время своих походов и был одет в бедные одежды представителя религиозного класса.
Он поддерживал строгую дисциплину в армии. Армию во время походов сопровождали муллы, которые были посредниками при переговорах с населением территорий, куда совершался поход.
В 1788 году Шахмурад вернул земли Чор-вилоята (Андхой, Шиберган, Сары-пуль, Ахча), которые в 1752 году были захвачены Ахмадшахом. Эти области до 1845 года находились под влиянием мангытов. В 1793 году Шахмурад, воспользовавшись смертью Темур шаха захватил Балх, а в самом конце века присоединил его к своим владениям.
Шахмурад совершил походы на Ура-тюбе, Ходжент, Хавас, Заамин, Ям и насильственно переселил часть их населения в Самарканд и основал там 24 отдельных квартала (гузара) с мечетями.
Шахмурад поддерживал тесные взаимоотношения с Османской империей и несколько раз отправлял в Стамбул послов.
Шахмурад скончался 30 ноября 1800 года и был похоронен на кладбище Ишан Имло в Бухаре, рядом с могилами почитавшихся им суфийских наставников – Хаджи Хабибуллы и шейха Мухаммад Сафара. К сожалению, его могила как и все кладбище было разрушено большевиками в 1930-х годах.
Преемником Шахмурада стал его старший сын эмир Хайдар.