Сэй Ито родился в уезде Мацумаэ на острове Хоккайдо в семье учителя. В 1928—1931 годах учился в Токийском коммерческом институте (яп. ). Печататься стал с 1926 года. Испытал влияние Зигмунда Фрейда и Джеймса Джойса, первым перевёл работы последнего на японский язык.
В 1930 году Сэй Ито опубликовал статью «О методе Джеймса Джойса „поток сознания“». В 1932—1934 годах перевел роман «Улисс». Под влиянием «Улисса» Джойса Сэй Ито написал роман «Наруми Сэкити» (1950). Параллельно с романом «Наруми Сэкити» писатель написал теоретическую работу «Искусство романа» (1948).
В 1950 году в связи с переводом на японский язык и распространением романа Дэвида Лоуренса «Любовник леди Чаттерлей» против писателя был возбужден судебный процесс. Сэй Ито, выступившей как переводчик романа, и Хисадзиро Кояма, издатель романа, были обвинены в нарушении нравственности. Позднее Сэй Ито написал документальную повесть «Суд» (1952), в которой выступил в защиту Лоуренса и оспаривал определение его романа как порнографического. Программным произведением писателя считается роман «Феникс» (1953), представляющей собой историю трудного восхождения талантливой актрисы к вершине театральной карьеры.
Сэй Ито умер в ноябре 1969 года в Токио.
В 1990 году в городе Отару в память о писателе была учреждена литературная премия его имени.