За свою карьеру Мендоса поиграл в трёх наиболее сильных и титулованных клубах Гондураса, начал он свою карьеру в клубе «Реал Эспанья», после которого играл в двух других сильнейших клубах Гондураса, «Олимпии» и «Мотагуа».
В национальной сборной Серхио Мендоса дебютировал 2 марта 2002 года в матче со сборной США, сыграв за это время в её составе в 51 матче и забив в них 1 гол. Мендоса включён в заявку Гондураса на чемпионат мира 2010.