Начинал в 1980-е годы как историк-краевед и пушкинист (публикации и разыскания о «кишиневском периоде» жизни Пушкина, монография «Кантемиры в изобразительных материалах»). В начале 1990-х выступил как редактор-составитель альманахов «Град-Китеж» (1992) и «К Свету» (1993), сочетавших церковно-историческую тематику с историософскими вопросами.
Фомин широко известен как автор-составитель сборника церковных пророчеств о грядущем «Россия перед Вторым Пришествием» — труда, объём которого рос с каждым новым изданием (1993, 1994 — однотомные; 1998 — двухтомник). В дальнейшем Фомин продолжил церковно-исторические документальные исследования, посвящённые архиереям и церковным деятелям. Под его редакцией и с его комментариями изданы труды и мемуары (некоторые впервые) митрополита Нестора (Анисимова), епископа Арсения (Жадановского), о. Сергия Дурылина, о. Константина Ровинского, схиигумении Фамарь (Марджановой), архимандрита Константина (Зайцева), Н. Д. Тальберга. Фомин собрал и прокомментировал наиболее полный на сегодняшний день сборник о ныне прославленном в лике святых протоиерее Алексее Мечеве («Пастырь Добрый». 1997), включающий все выявленные в настоящее время проповеди и письма этого московского старца и воспоминания о нем.
Особое место в исследовательской и издательской деятельности Фомина принадлежит Царской теме. Под его редакцией вышли сборник духовных песнопений и молитвословий Царя Иоанна Васильевича; книги игумена Серафима (Кузнецова) «Православный Царь-Мученик» (1997); С. В. Маркова «Покинутая Царская Семья» (2002); И. П. Якобия «Император Николай II и революция» (2005). Им же составлены сб. писем дневников и воспоминаний о Царице Мученице Александре Феодоровне («Скорбный Ангел». 2005), а также «Царский сборник» (2000), включающий службы и акафисты Царственным Мученикам и Помянник. Наконец, им (главным образом на основе зарубежных эмигрантских источников) написана работа о том, кем считали праведного старца Феодора Козмича Томского Императоры и другие Члены Царского Дома (2003).
Значительная часть работ посвящена различным вопросам биографии Г. Е. Распутина и имеет апологетический характер в его отношении.
Издательским Советом Русской Православной Церкви 21 октября 2003 г. книге «Страж Дома Господня» присужден Диплом I степени в номинации «Книга — событие года». В 2005 г. «во внимание к трудам в святом деле возрождения и развития Православия на Камчатке» писатель вместе с супругой Тамарой Ивановной были награждены Архиепископом Петропавловским и Камчатским Игнатием Архиерейской Грамотой. По итогам 2007 г. Фомин был награжден Дипломом лауреата премии «Просветитель» имени Святителя Иннокентия (Вениаминова), епископа Камчатского, Алеутского и Курильского, митрополита Московского и Коломенского, «за выдающийся личный вклад в дело увековечения имени Святителя Нестора (Анисимова), активную и талантливую популяризацию во Всероссийском масштабе и за рубежом трудов Камчатского Апостола». Фомин является членом Петропавловск-Камчатской епархиальной комиссии по подготовке документов по канонизации Владыки Нестора.
«Ждать умейте!» К 60-летию Сергея Фомина: Сборник статей (2011)