Воспитанник новосибирской ДЮСШ «Спартак». Начинал мини-футбольную карьеру в новосибирском «Сибиряке», затем перешёл в челябинский «Феникс», однако уже в следующем сезоне вернулся в «Сибиряк». В 1999 году перешёл в московский «ГКИ-Газпром», в составе которого стал обладателем кубка и суперкубка России. После расформирования «газовиков» оказался в другом столичном клубе — «Динамо». В его составе Малышев стал пятикратным чемпионом России и ещё дважды выиграл национальный кубок. А в сезоне 2006-2007 он помог москвичам стать обладателями кубка УЕФА по мини-футболу.
Малышев четырежды входил в состав сборной на Чемпионат Европы по мини-футболу, становился его серебряным и бронзовым призёром.
Личные: