Сергей Бернацкий начал свою профессиональную карьеру в 2000 году в составе ныне несуществующего московского клуба Высшей лиги ХК ЦСКА, отыграв до этого несколько сезонов за фарм-клуб родного воскресенского «Химика». Сезон 2002/03 Сергей провёл в московских «Крыльях Советов» и альметьевском «Нефтянике», после чего до 2007 года выступал в составе клуба из Сетуни.
Перед началом сезона 2007/08 Бернацкий перешёл в нижнекамский «Нефтехимик», в составе которого выступал до 2011 года. В нижнекамском клубе Сергей заработал себе известность благодаря своей жёсткой игре. В настоящий момент Бернацкий является рекордсменом «Нефтехимика» по количеству штрафных минут в чемпионатах страны.
8 мая 2011 года Сергей подписал двухлетний контракт с магнитогорским «Металлургом».