В данный момент работает в Санкт-Петербургском государственном университете экономики и финансов (заведующий кафедрой романских языков и перевода), а также на факультете свободных искусств и наук (руководитель программы «Французские исследования»)
Научными интересами Фокина являются: история французской литературы XIX-XX веков, французская философия XX века, франко-российские литературные связи, теория, история и критика перевода.
Фокиным таже выполнены переводы (с предисловиями и комментариями) книг: Ж. Батая, Ж. Делёза, П. Дриё Ла Рошеля, М. Лейриса, Ж.-П. Сартра, Ж.-Л Нанси и Ф. Лаку-Лабарта, А. Роб-Грийе, М. Сюриа.
В период с 21 по 22 апреля 2008 года Сергеем Лонидовичем Фокиным была проведена международная конференция «Шарль Бодлер и Вальтер Беньямин. Эстетика и политика».