По информации польского журнала Wprost, его состояние в 2006 году оценивалось в $800 млн.
Сергей Богданчиков родился 10 августа 1957 года в деревне Богдановка Северного района Оренбургской области. В 1976 году окончил Бугурусланский нефтяной техникум, в 1981 году — Уфимский нефтяной институт (специальность «Технология и комплексная механизация разработки нефтяных и газовых месторождений»).
В 1980-х годах работал на предприятии «Оханефтегаздобыча» (остров Сахалин), в 1985—1988 годах работал инструктором отдела промышленности Сахалинского обкома КПСС. В 1989—1993 годах работал начальником НГДУ «Оханефтегаз». С 1993 года — генеральный директор производственного объединения «Сахалинморнефтегаз» государственного предприятия «Роснефть» (позднее — ОАО «Роснефть-Сахалинморнефтегаз»).
В 1997 году Богданчикова назначают на должность вице-президента компании «Роснефть», в которой он курировал дальневосточные проекты компании. С 14 октября 1998 года по 5 сентября 2010 года — президент «Роснефти».
Имеет двух сыновей — Алексея (по январь 2010 года работал руководителем управления по работе с инвесторами ОАО «НК „Роснефть“») и Евгения.
Сергей Богданчиков — доктор технических наук, действительный член Международной академии топливно-энергетического комплекса, глава кафедры энергобезопасности в Международном институте энергетической политики и дипломатии МГИМО.