Окончил географический факультет МГУ и аспирантуру Института мировой экономики и международных отношений АН СССР. В 1989—1992 годах — директор советско-перуанской совместной биостанции Российской академии наук. Как позднее говорил сам Батчиков, в период работы в Академии наук он был знаком с Борисом Березовским.
Работал заместителем председателя совета директоров компании «Интеррос» Владимира Потанина. Был членом совета директоров страхового общества «РЕСО-Гарантия». Член совета банка «Югра» (ОАО АКБ «Югра») (по состоянию на 2005 год). Является председателем правления организации «Российский торгово-финансовый союз».
В 2003 году баллотировался в Государственную думу России по списку КПРФ, в федеральном списке значился как советник по инвестиционным программам ООО «Мак-Центр». Согласно информации «Независимой газеты», в 2004 году возглавлял предвыборный штаб Сергея Глазьева, ранее участвовал в разработке экономической программы КПРФ и в предвыборной кампании Глазьева в Красноярском крае.
Кандидат экономических наук, действительный член Международной академии корпоративного управления. Автор более 50 научных публикаций по экономическим вопросам. Соавтор книги Глазьев С. Ю., Кара-Мурза С. Г., Батчиков С. А. «Белая книга. Экономические реформы в России 1991—2001 гг.» Эксмо, 2003 ISBN 5-699-01367-9.
Является критиком существующей власти в России и политики Владимира Путина.
В 2005 году в редакции газеты «Завтра» прошёл круглый стол, посвящённый критике «приоритетных национальных проектов» (принимали участие экономисты Дмитрий Львов, Николай Петраков, Сергей Глазьев, Михаил Делягин), на котором Батчиков, в частности, заявил:
Своё мнение Батчиков повторил на круглом столе в агентстве «Росбалт» и в статье для «Российского экономического журнала».
В 2007 году, комментируя послание Путина Федеральному собранию, Батчиков отметил: