Воспитанник курского футбола. Первым тренером был Николай Черняков. Всю свою профессиональную карьеру Сергей выступает за курский «Авангард». Первый контракт с клубом подписал в 1998 году и с тех пор сыграл за основой состав уже более 300 матчей в различных турнирах и забил один гол. С 2005 по 2007 год, а также в 2010 году выступал с командой в Первом дивизионе, где провел 65 встреч. В 2009 году стал победителем зоны «Центр» Второго дивизиона.
До 2004 года носил фамилию Кочерга, но, женившись, взял фамилию жены — Шолохов.