Отец Бондарина занимал административную должность. Он вырос в Одессе, в начале 20-х гг. входил в круг одесских писателей, особенно был дружен с Эдуардом Багрицким и Семеном Гехтом. В 1929 окончил юридическое отделение Одесского института народного хозяйства. В 1930 женился на художнице Генриетте Адлер (1903—1997).
Бондарин писал стихи, рассказы, журналистские очерки. Первая книга (для детей) — «Дындып из долины Дургун-Хоток» (1931), действие которой происходит в Монголии. Протесты писателей, в том числе В. Шкловского и Л. Славина против того, что Бондарину уделяется мало внимания, привели к публикации первого сборника «Пять лет» (1935).
С июня 1941 года по февраль 1944 года Бондарин служил при Политуправлении Черноморского флота.
В марте 1944 года был арестован, 21 апреля 1945 приговорен к 8 годам лагерей по обвинению в «антисоветской агитации». До 1953 года находился в заключении в Мариинске Кемеровской области, в Тайшете, затем в ссылке в Красноярском крае.
В последних книгах Бондарин соединил написанную ранее прозу и воспоминания. По мнению Вольфганга Казака, «Бондарину уделяется мало внимания, что несправедливо».