19 октября 1999 года Эллардайс был назначен главным тренером «Болтон Уондерерс».
Эллардайс был назначен главным тренером «Блэкберн Роверс» 17 декабря 2008 года, подписав с клубом трёхлетний контракт. Первым матчем под его руководством стала игра против «Сток Сити» на «Ивуд Парк», завершившаяся победой «Блэкберна» со счётом 3:0. Это была первая игра из девятиматчевой беспроигрышной серии «Блэкберна», завершившаяся поражением от "Астон Виллы со счётом 2:0. После этого «Блэкберн» одержал ещё семь побед, включая выездную победу над «Фулхэмом» со счётом 2:1. На выезде «Блэкберн» выиграл лишь два матча, зато на «Ивуд Парк» команда выиграла 5, сыграла вничью в четырёх и проиграла лишь один матч. Свой первый сезон в «Блэкберне» Эллардайс завершил безголевой ничьей против «Вест Бромвича», а команда заняла 15-е место в турнирной таблице.
В сезоне 2009/2010 «Блэкберн» вышел в полуфинал Кубка Футбольной лиги, в котором уступил «Астон Вилле». В этом же сезоне «Блэкберн» дважды обыграл своих заклятых соперников, клуб «Бернли», а также бывший клуб Эллардайса, «Болтон Уондерерс». Под руководством Большого Сэма «Блэкберн» большую часть сезона провёл в середине турнирной таблицы Премьер-лиги, демонстрируя впечатляющие показатели при игре на домашнем стадионе. Так, «Блэкберн» не проиграл ни одного матча на «Ивуд Парк» против так называемой «большой четвёрки», сыграв безголевые ничьи с «Ливерпулем» и «Манчестер Юнайтед», ничью 1:1 с «Челси» и обыграв «Арсенал» со счётом 2:1. В сезоне 2009/10 «Роверс» занял 10-е место в Премьер-лиге, обыграв в последнем туре чемпионата «Астон Виллу». 13 декабря 2010 года Сэм Эллардайс был отправлен в отставку с поста главного тренера «Блэкберна».
Данные откорректированы по состоянию на 13 декабря 2010 года