Свою профессиональную карьеру Себастьян начал в «Словане» из Любляны. В 1994 году перешёл в «Олимпию», в составе которой дважды становился чемпионом Словении и один раз выиграл Суперкубок. С 1996 по 2000 год играл за рубежом за хорватскую «Риеку» и израильский «Хапоэль» из Тель-Авива. В составе последнего один раз выигрывал чемпионат Израиля и дважды Кубок. После этого вернулся обратно, в «Олимпию» и выступал за неё в сезоне 2000/01. В 2001 году уехал в Италию, где на протяжении двух сезонов защищал цвета «Лечче». В 2003 году снова перешёл в «Олимпию» и выступал за неё до 2005 года. В 2005 году Цимиротич успел поиграть сразу за три клуба: словенский «Публикум», южнокорейский «Инчхон Юнайтед» и хорватский «Хайдук» из Сплита (на правах аренды). В «Хайдуке» играл мало и был снова отдан в аренду в «Домжале», в составе которого выиграл чемпионат Словении. В 2007 году права на футболиста у «Инчхон Юнайтед» выкупила «Олимпия», и Себастьян в четвёртый раз оказался в клубе из Любляны.
За сборную Себастьян дебютировал 23 марта 1998 года в матче против команды Польши (0:2). Участник ЧМ 2002. На ЧМ забил один гол в матче против команды Испании. Всего за сборную Словении провёл 33 матча и забил 6 мячей.