Закончил среднюю школу в поселке Мякит (Магаданская область). Окончил радиотехнический факультет Московского энергетического института (1961), философский факультет университета марксизма-ленинизма (1965), работал инженером. Кандидат технических наук, специализировался в области электронных систем и математической лингвистики. Работал в НИИ по специальности, руководил исследовательской лабораторией.
Дебютировал в 1964 году двумя рассказами: «Кратер» и «Возвращение Сухарева». В течение четверти века написал порядка сорока рассказов, несколько повестей и два романа. Считал себя учеником Леонида Леонова, с которым неоднократно встречался в 1960—1970-е годы и от которого получил рекомендацию в Союз писателей.
С 1976 года журналист, был заместителем главного редактора журнала «Техника — молодёжи», затем сменил Юрия Медведева на посту заведующего редакцией фантастики издательства «Молодая гвардия». С 1981 года член Союза писателей СССР, с 1992 года член Союза писателей России. Считается, наряду с Юрием Медведевым, одним из идейных лидеров разгрома советской фантастики 1960-70-х гг. В 2001 говорил: «меня записывают в „школу Ефремова“, я с этим не согласен, но и не возражаю».
В конце 80-х отошел от фантастики, увлекшись изучением загадок прошлого, в том числе Атлантиды и этрусков. Выпустил ряд документальных книг, в которых пишет о тайнах и загадках исчезнувших цивилизаций, толкует многие аномальные явления (цивилизация крылатых змеев, оружие инопланетян, эликсир бессмертия, магия Дэвида Копперфилда).
За сценарий документального фильма о биополе «Невидимая жизнь леса» (Киевская студия научно-популярных фильмов) ему присуждена премия на XI Всемирном кинофестивале «Экофильм-84» в Острове.
Член-корреспондент Международной академии информатизации, с 1998 года президент Московского клуба тайн.
В 1986—1991 увлекался поиском легендарной Атлантиды. В работах «Все об Атлантиде» и «Где искать Атлантиду?» датировал гибель Атлантиды по времени образования гигантского кладбища мамонтов в Сибири в долине реки Бёрёлёх. По его мнению, мамонты погибли в результате гигантского селевого потока после падения в Атлантику гигантского астероида, который он назвал «Саисским» в память о сообщении саисских жрецов о небесном огне, которое приводит Платон в диалоге «Тимей». Написал две повести по этой теме: «Далекая Атлантида» и «Золотой чертог Посейдона», изданной под одной обложкой с книгой Ж.-И.Кусто на эту же тему.
В 2003 на II Российском съезде атлантологов Щербакову присуждена почетная степень доктора атлантологических наук.
Впервые в России в 1992 перевёл первые главы «Велесовой книги». Согласно истолкованию Щербакова, главной героиней её является Птица Матерь Сва, она же Мать богов и богиня Асгарда Фригг. Писатель считал неправильным название «Влесова книга» и соответственно заменил название на «Лебединая книга».
Исследуя «метаисторию», пришёл к выводу о том, что генетические корни древнерусского и других славянских этносов восходят к яфетическим племенам Кавказа. События, происходившие в древности на Кавказе, имеют «прямое отношение к теме происхождения Руси. Ведь эти племена влились в конечном счете в те самые роды полян, о которых говорит русская летопись».
В книге «Встречи с Богоматерью» (1993) В.Щербаков описал воплощения Матери богов, среди которых — богиня Фригг. Богиня Идун обладала секретом молодильных яблок, делавших асов бессмертными. Автор, по его сообщению, разгадал секрет и «методами радиофизики и медицинских технологий» создал «нейроген», жидкость, восстанавливающую нейроны, и якобы проверил его на себе. Публиковал об этом статьи в 1998-99 годах в журнале «Оракул», и в это же время работая над книгой об этом эксперименте.
Щербаков занимался исторической локализацией индоевропейских мифов, ища прародину индоевропейцев. Работал в основном в русле курганной, анатолийской и армянской гипотез, исследуя корни индоевропейцев в Средней Азии времён Древнего мира.
В 1989 году издал небольшую книгу «Где жили герои эддических мифов?» с рецензией доктора исторических наук, профессора А. Ф. Смирнова. Последний также был редактором очерка «Асгард и ваны» — ещё одной работы автора в сборнике «Дорогами тысячелетий».
Сообщение ТАСС (май 1989 года) об открытии Асгарда было опубликовано раньше выхода этих работ и носило информационный характер.
Основываясь на прямых указаниях основоположника скандинавской мифологии Снорри Стурлусона, Щербаков предположил, что в древности предки северных индоевропейцев пришли из юго-западной Монголии через Среднюю Азию (район плато Устюрт), затем спустились к Копетдагу. В период, описанный в «Эдде», Один и асы входили в сообщество аланов и жили в полиэтнической Скифо-Сарматии. В Копетдаге находились культовые центры, посвященные асам, обожествленным предкам парфян и скандинавов. Там же асы построили Асгард и др. мифологические объекты, которые Щербаков отождествил с несколькими постройками Парфянского царства в районе древних поселений Нисы и Мансурдепе. Современная археология от определения характера культа в Нисе пока воздерживается.
Туркменистан ныне признан в научном мире «колыбелью древних культур и цивилизаций», «перекрестком эпох и цивилизаций».
В 1991 году Щербаков издал монографию «Асгард — город богов» (с научным приложением). Из-за первой, мифической части, книга часто причисляется к жанру эзотерической фантастики. Эту книгу рецензировали доктор исторических наук В. А. Невежин и доктор филологических наук, профессор этнографии Б. В. Соколов. Консультировал по второй научной части книги доктор исторических наук, профессор, академик РАН В. И. Жуков.
В названных работах автор описал Идавелль-поле (поле игр асов), похожее на небольшой аэродром с остатками глинобитного забора (ограды), выяснил характер игры асов с гипсовыми шарами и с сердцевиной из сухой травы, описанный подробно и в Нартском эпосе. Установил местоположение и внутренний вид Валхаллы, замка главного бога-аса Одина, где проводились пиры, а также его сокровищницы, наполненной ритонами и опечатанной жрецами еще в древности, и огромного винохранилища.
Деревья сияющей рощи Гласир, описанной в «Эдде», все листья, ветви и кора которых как из червонного золота, автор отождествил с «пурпурным персиком», особым видом персикового дерева с листьями цвета червонного золота, растущего только в Средней Азии.
В книгах Щербакова приведены древние тамги и руны, изображенные на скалах Монголии. По его мнению, они с незначительными изменениями повторены в исторических памятниках Исландии. Автор назвал эти руны «рунами богов».