О его юности ничего неизвестно.
Оидором в Лиме был с 1548 года.
В 1550 году был судьей Королевской Аудиенции в Лиме.
В 1557 году едет в Чили вместе с новым губернатором Гарсия Уртадо де Мендоса.
Подать состояла в системе миты и заключалась в обязательстве касика группы индейцев посылать одного из шести индейцев на рудники и шахты, и каждого пятого на сельскохозяйственные работы. От работ освобождались женщины и лица не достигшие 18 лет и старшие 50 лет, и устанавливалось, что индейцев содержали энкомендеро, которые должны были лечить их от болезней, заботиться об обращении их в христианство, не обращаться с ними как со зверьми, и не принуждать их к работам по воскресеньям и праздникам. Утверждалось существование системы алькальдов на шахтах, обязанных присматривать за дисциплиной промывателей золота.
4 июня 1559 года он вынес постановление о добром правлении, замирении и защите Чили.
В 1561 году вновь оказывается в Лиме в качестве оидора. В 1563 году на королевский запрос об инкской системе податей он предоставил свой ответ.
Он был оидором Королевской Аудиенции в Кито. Так, он написал королю в 1564 году письмо о своём прибытии в этот город и принятии служебных обязанностей
11 октября 1564 года он принял на себя обязанности в Аудиенции. Президентом он был три года.
Также им были вынесены приговоры:
В коллекции Саласара и Кастро под каталожным номером 630 (без даты и места составления) хранится его письмо, как Президента Аудиенции в Кито, впоследствии епископа Чаркас, своим законным дочерям с наставлением жить честно и по-христиански.
В 1578 году согласно королевской грамоте на посту епископа в Чаркас его сменил Алонсо Гранеро Рамирес де Авалос.
По сведениям Антонио де Ульоа, государственного судьи Королевской палаты, смерть Фернандо де Сантиляна наступила 8 июня 1574 года в городе Лима на пути к своему епископскому месту в город Ла-Плата.
Его женой с 1555 года была Ана Вильегас.
Известны две его дочери:
Оригинал его Доклада хранится в Библиотеке Эскориала (Испания). Доклад касается системы управления империи Инков, а также системы их податей. Он описывает вред, нанесённый землям Перу испанскими неурядицами и гражданскими войнами.