Самир Шарифов родился 7 сентября 1961 года. В 1983 году он окончил факультет по международным экономическим отношениям Киевского государственного университета. По окончанию университета работал в системе Министерства внешней торговли СССР в Баку, затем в Южном Йемене, а с 1991 по 1995 годы — заместителем руководителя департамента международных экономических отношений Министерства иностранных дел Азербайджана.
С 1995 по 2001 годы Шарифов работал в системе Национального банка Азербайджана, а с 2000 года являлся исполнительным директором ГНФАР. В апреле 2006 года назначен министром финансов Азербайджана.
Женат, имеет троих детей.