Представлял меньшевисткое крыло партии «Гуммет» в парламенте АДР (1918—1920). Получил известность за руководство проведение алфавитной реформы в Азербайджане.
Самед Ага Алиев родился 15 (27) декабря 1867(18671227) в селе Кырах-Кесемен Казахского уезда Елизаветпольской губернии в крестьянской семье. Окончил Владикавказскую военную гимназию, получил специальность землемера.
В 1887 году он поступает в Гянджу на службу. С 1888 года ведёт подпольную революционную работу. Во время событий (1904—1905) находился в Гандже, где стал свидетелем разгрома «Гуммет» — социал-демократической организации мусульман.
15 января 1923 года постановлением I-й сессии ЦИК ЗСФСР I-го созыва Агамалы оглы был назначен председателем ЦИК ЗСФСР.
В 1924 году он впервые подготовил к печати и издал, снабдив своим предисловием, знаменитый памфлет Мирзы Фатали Ахундова под названием «Кямалуддовле и Джамалуддовле». 26 января 1930 года постановлением II-й сессии ЦИК ЗСФСР V-го созыва Самед Алиев был освобждён от должности председателя ЦИК ЗСФСР.
Участвовал в работе большинства газет и журналов, выходивших в Азербайджане в 1920-е годы.
Скончался в Москве.