Родился 15 октября 1894 года в кочевом ауле в Акмолинском уезде (ныне Карагандинская область).
С 1905 года 1908 — учился в русско-казахской школе при Спасском медеплавильном заводе. Затем он учился в Акмолинской начальной приходской школе и в Акмолинском трехклассном городском училище. Помимо этого в 1912 году Сакен обучает русскому языку учеников мусульманского медресе. 21 августа 1913 года Сейфуллин поступает в Омскую учительскую семинарию, где учится с Магжаном Жумабаевым. В ноябрьском номере (№ 21) журнала «Айкап» Сакен Сейфуллин опубликовал свою первую статью. С этого времени им начинает интересоваться омская охранка.
В 1914 году Сейфуллин стал одним из руководителей первого культурно-просветительского общества казахской молодежи «Бірлік» («Единство») в Омске. В 1914 году выходит сборник его стихов «?ткен к?ндер» («Минувшие дни»).
В 1916 году Сакен работает в комиссии по переписке имущества 12 волостей Акмолинского уезда. Тогда же он пишет стихотворение «Волнение», посвященное волнениям казахского народа в 1916 году.
С первого сентября 1916 года Сейфуллин является преподавателем в Бугулинской школе, в основании которой он принимал самое непосредственное участие.
9 марта 1917 года переехал в город Акмолинск, где написал стихотворение приветствие Февральской революции «Спешно собрались мы в поход».
В апреле 1917 года Сакен Сейфуллин создал общественно-политическое и культурное общество «Жас ?аза?» («Молодой казах»). В июле 1917 года Сакен участвует в издании газеты «Тіршілік» («Жизнь»).
С сентября Сейфуллин преподаёт в новой русской-казахской школе Акмолинска трёхмесячные педагогические курсы.
Сразу после Великой Октябрьской социалистической революции С. Сейфуллин написал стихотворение «Ану-ка, джигиты!», которое считается первым произведением казахской советской литературы. 27 декабря 1917 года установилась Советская власть в Акмолинске. Сейфуллин избран членом президиума Акмолинского Совдепа и назначен народным комиссаром просвещения. В феврале он был принят в партию РКП (б). 1 мая 1918 года состоялась премьера спектакля по пьесе С. Сейфуллина «Ба?ыт жолына» («На пути к счастью»).
Когда в Акмолинске 4 июня 1918 года произошёл белогвардейский переворот, Сейфуллин был арестован и 5 января 1919 отправлен с этапом из акмолинской тюрьмы в Петропавловск. Был помещён в «вагоне смерти» атамана Анненкова, где провёл 47 суток (24 января — 12 марта). В Омске он смог сбежать из колчаковской тюрьмы (3 апреля) и к июлю добрался до родного аула. Через два месяца С. Сейфуллин вынужден бежать в Аулие-Ата.
Но уже 7 мая 1920 года он возвратился в освобождённый Красной Армией Акмолинск и был назначен помощником заведующего административным отделом ревкома. На съезде Советов 26 июля Сейфуллин избран членом исполнительного комитета и назначен заместителем председателя Акмолинского исполнительного комитета, заведует административным отделом, а 12 октября избран членом президиума Центрального Исполнительного Комитета Киргизской АССР. В ноябре присутствовал на VIII съезде Советов и слушал доклад В. И. Ленина о плане ГОЭЛРО. В 1921 году член чрезвычайной комиссии по присоединению Акмолинской и Семипалатинской областей к Киргизской АССР.
13 июня 1922 года Сейфуллин назначен заместителем народного комиссара просвещения республики и редактором республиканской газеты «Е?бекши ?аза?» («Трудовой казах») (позже называлась «Социалистік ?аза?стан»). Однако уже в декабре III съездом Киргизской АССР избран председателем Совета Народных Комиссаров республики. Несмотря на свою занятость Сакен продолжал писать стихи и в 1922 году вышел сборник стихов «Асау т?лпар» («Неукротимый скакун»), драмы «?ызыл с???арлар» («Красные соколы»).
1922 — 23 — 30 декабря — делегат Х съезда Советов РСФСР и Всесоюзного учредительного съезда Советов, провозгласившего создание Союза Советских Социалистических Республик, избран членом ЦИК.
В апреле 1923 — C. Сейфуллин делегат XII съезда РКП(б). 22 ноября президиумом Киргизского ЦИК на основе решения XII съезда РКП(б) принято постановление о ведении делопроизводства на казахском языке.
Выходят отрывки историко-мемуарного романа «Тернистый путь» в журнале «?ызыл ?аза?стан» («Красный Казахстан») и стихотворение «Ленин». После смерти Владимира Ильича Ленина Сейфуллин отправился в Москву и возглавил казахскую делегацию на похоронах. После вышла его статья в «Известиях» «В. И. Ленин и пробуждающийся Восток».
7 апреля 1925 года Сакен Сейфуллин назначен председателем академического центра при Казнаркомпросе. Вышла поэма «Совестан». В мае 1926 года С. Сейфуллин назначен заведующим истпарта Казкрайкома ВКП(б).
В декабре 1926 Сакен женился, его женой стала Гульбарам Батырбекова.
В 1927 году Сейфуллин назначен ректором Кзыл-Ордынского института народного просвещения. Вышел альманах «Жыл ??сты» («Первая ласточка»), составленного из произведений казахских писателей под редакцией С. Сейфуллина.
С мая 1928 года — лектор Ташкентского казахского педагогического института, руководитель литообъединения казахской молодежи. С августа 1929 доцент кафедры казахской литературы Казахского педагогического института.
Сакен начинает сбор образцов казахского устного творчества и литературы. В 1932 году издана первая часть его истории казахской литературы как учебник для студентов вуза. 1931 — публикация отрывков из сатирического романа «Наш быт».
12 июня 1934 года, за три месяца до открытия первого съезда писателей СССР, состоялся Первый съезд писателей автономной Казахской Республики (входившей в то время в состав Российской Федерации), который объединил всех благонадёжных литераторов в Союз советских писателей Казахстана. Вступительное слово произнёс основатель Союза Сакен Сейфуллин. Первым председателем был избран Ильяс Джансугуров.
В августе-сентябре 1934 года Сейфуллин участвовал в работе первого Всесоюзного съезда советских писателей. С сентября 1934 года Сейфуллин — профессор Казахского коммунистического института журналистики. В 1935 были изданы поэма «Социалистан» и повесть «Айша». Сакен участвует в декаде казахской литературы и искусства в Москве.
В 1936 году Сейфуллин первый из казахских писателей награждён орденом Трудового Красного Знамени.
В 1938 году арестован как «буржуазный националист» и расстрелян 28 февраля 1939 года в застенках Алма-Атинского НКВД. Посмертно реабилитирован.