Свою карьеру Руй Жорже начал в 1981 году в молодёжной команде «Порту». В 1991 году «Порту» отдал футболиста в аренду в «Риу Ави», где защитник провёл целый сезон, сыграл 31 матч и забил два гола.
После возвращения в «Порту» Руй Жорже дебютировал в Португальской лиге — 14 февраля 1993 года Жорже вышел на замену на 83 минуте в матче против «Тирсенсе». Оба своих гола в составе «Порту» Жорже забил в одной игре сезона 1995/96 в матче 12-го тура против «Маритиму». Защитник оформил дубль в той игре и помог своей команде одержать победу со счётом 6:0.
За 6 лет в составе «Порту» Руй Жорже выиграл 5 титулов чемпиона Португалии и 3 кубка Португалии.
В 1998 году Руй Жорже перешёл в лиссабонский «Спортинг». Первый гол за «Спортинг» Жорже забил в 15-туре чемпионата в матче против «Браги». За 5 сезонов в «Спортинге» Жорже завоевал еще два чемпионских титула и стал обладателем кубка Португалии в 2002 году. В 2005 году Руй перешёл в «Белененсиш», и через год завершил карьеру футболиста.
После окончания карьеры Руй Жорже работал с молодёжным составом «Белененсиша». В мае 2009 года после увольнения Джейма Пачеко Жорже стал главным тренером «Белененсиша» на последние две игры чемпионата, а по окончании турнира вернулся в молодёжную команду.
19 ноября Руй Жорже был назначен главным тренером молодёжной сборной Португалии в возрасте до 21 года.