И. В. Русаков родился в семье рабочего. Во время обучения на медицинском факультете Московского университета активно участвовал в нелегальном социал-демократическом кружке и в студенческих сходках, за что был арестован, а затем исключен из университета. С большим трудом удалось ему окончить университет в 1900 году.
После получения высшего образования И. В. Русаков работает сначала в Ольгинской, затем в Ростокинской больнице в Москве. В 1905 году участвует в Московском вооруженном восстании. После подавления восстания И. В. Русакова арестовывают и на три года ссылают в г. Ялуторовск Тобольской губернии. В ссылке Русаков занимается врачебной деятельностью, ведёт научную и исследовательскую работу, возглавляет бюро взаимопомощи ялуторовских ссыльных, создает рабочие артели — плотничью и по починке сельскохозяйственного инвентаря, устраивает литературные вечера.
После ссылки Русаков возвращается в Москву и работает в Московской городской детской амбулатории и Мещанской городской бесплатной лечебнице для приходящих больных, параллельно ведёт партийную пропаганду, становится одним из руководителей большевистской фракции в Обществе русских врачей в память Н. И. Пирогова. После Февральской революции 1917 года И. В. Русаков становится членом Сокольнического райкома РСДРП(б) и Исполкома Совета Сокольнического района.
После Октябрьской революции 1917 года Русаков — член медицинской коллегии НКВД РСФСР, председатель Сокольнического райсовета рабочих и солдатских депутатов, член Московского комитета РКП(б), член Президиума Моссовета, член Совета врачебных коллегий, один из редакторов печатного органа Совета — «Известий советской медицины». По инициативе Русакова в Сокольническом районе была организована охрана Сокольнического парка, создана первая лесная школа и станция любителей природы, первый детский сад.
В 1919—1920 годах И. В. Русаков становится уполномоченным санотдела Южного и Юго-Западного фронтов. По возвращении с фронта работает заведующим московским отделом народного образования. В марте 1921 года Русаков добровольцем отправился на подавление Кронштадтского контрреволюционного восстания, где являлся комиссаром военно-морского госпиталя.
18 марта был захвачен переодетыми мятежниками и расстрелян.
И. В. Русаков похоронен на Красной площади в Некрополе у Кремлёвской стены. Посмертно награжден орденом Красного Знамени.
В советское время имя И. В. Русакова было увековечено во многих названиях географических объектов и предприятий: