Вальтер Магнус Рунеберг родился 29 декабря 1838 года в небольшом финском городке Порвоо в пятидесяти километрах от Хельсинки.
Учился в Гельсингфорсском университете (ныне Хельсинкский университет), но, чувствуя влечение к искусству, перестал посещать лекции этого заведения и поступил в Императорскую академию художеств в городе Санкт-Петербурге, где некоторое время состоял учеником профессора скульптуры барона Петра Карловича Клодта.
Пройдя после того курс рисования у Р.-В. Эмана, в Турку в Академии Або, отправился в Копенгаген и в течение трех лет совершенствовался в ваянии в тамошней академии художеств под руководством Герман Вильгельм Биссена.
Затем, в 1862—1863 годах работал в столице Италии городе Риме, вылепил там фигуру Силена, обратившую на него общее внимание, и, возвратившись на родину, в 1864—1868 годах изготовил модель статуи «Ильмаринена, выковывающего луну», для воспроизведения которой из мрамора вторично отправился в Рим. Там из его мастерской вышли мраморные группы «Аполлон и Марсий» и «Психея, несомая Зефирами» (находится в Зимнем дворце, в Санкт-Петербурге), статуи «Психея с лампадой», «Психея с орлом Юпитера» и другие.
С 1877 года Вальтер Рунеберг поселился во французской столице городе Париже и с той поры занимается исполнением преимущественно портретных статуй и бюстов. Самыми важными между его произведениями должно признать монументы его отца (1885) и императора Александра Второго (1894), воздвигнутые в Гельсингфорсе в Парке Эспланады.
Вальтер Магнус Рунеберг скончался 23 декабря 1920 года в городе Хельсинки в возрасте восьмидесяти двух лет.