Его дебютом в кино стала драма «Поля смерти» (1984), основанная на документальных материалах, о действиях «красных кхмеров» в Камбодже. Картина принесла Жоффе номинацию на «Оскар» за лучшую режиссуру и получила три премии.
Вторую номинацию на «Оскар» режиссёр получил за свой следующий фильм «Миссия» (1986), рассказывающий об иезуитских миссионерах в Бразилии конца XVIII века. Картина стала лауреатом премии «Золотая пальмовая ветвь» Каннского кинофестиваля.
Третий фильм Жоффе о Роберте Оппенгеймере «Толстяк и малыш» посвящён истории создания атомной бомбы.
В мае 2007 года Жоффе начал съёмки фильма «Ты и я» (рабочее название «В поисках t.A.T.u.») по произведению депутата Государственной Думы России Алексея Митрофанова.