Учился в Колумбийском университете и Калифорнийском технологическом институте. Степень доктора получил в Массачусетском технологическом институте. Профессор школы бизнеса Гарвардского университета.
В 2003 году Мертон был замешан в скандале вокруг американского хедж-фонда LTCM (англ. Long Term Capital Management), в котором являлся одним из партнеров, наряду с другим нобелевским лауреатом Майроном Шоулзом. Фонд обвинялся в уклонении от уплаты налогов, а консультантом на судебном процессе выступал лауреат Нобелевской премии по экономике 2001 года Джозеф Стиглиц.