Начинал свою карьеру в ташкентском клубе «Чиланзар» в 1995 году. В 1996 году перешёл в Наманганский «Навбахор». В составе «Навбахора» Гафуров стал чемпионом Узбекистана и пятикратным бронзовым призёром чемпионата. С 2007 года играет за ташкентский «Курувчи».
Гафуров в 1998—2001 выступал за сборную Узбекистана по футболу. Провёл в сборной страны 11 матчей и забил один гол.