Нуньес родился в Гондурасе, но в начале 90-х его семья переехала в США. Профессиональную карьеру Рамон начал в клубе «Даллас», который задрафтовал его в 2004 году под общим шестым номером. После «Далласа», Нуньес провёл один сезон в клубе «Чивас США», а в 2008 году вернулся на родину, перейдя в клуб «Олимпия», за который после годичного перерыва играл еще и в 2010 году. 2009 год Нуньес провёл в чемпионате Мексики, успев поиграть там за два клуба — «Пуэбла» и «Крус Асуль». В августе 2010 года подписал контракт с английским клубом «Лидс Юнайтед». В марте 2011 года отправлялся в аренду в команду «Сканторп Юнайтед». 11 октября подписал с «Лидсом» новый контракт, рассчитанный на 4 года.
В национальной сборной Рамон Нуньес дебютировал 9 сентября 2007 года в матче против сборной Коста-Рики. В составе своей сборной Нуньес принимал участие в Чемпионате Мира 2010.