В возрасте 20 лет Алия вступил в молодёжное коммунистическое движение. Под покровительством Ходжи он сделал быструю карьеру, после 2-й мировой войны возглавлял албанскую молодёжную коммунистическую организацию, затем учился в СССР. В 1961 стал членом Политбюро ЦК Албанской партии труда. Ходжа выбрал Алию по нескольким причинам. Прежде всего, Алия был активным последователем политики «опоры на собственные силы» (в противовес тем, кто искал союза с титовской Югославией). Кроме того, к нему благосклонно относилась супруга Ходжи, Неджмие Ходжа, имевшая влияние в партии даже после смерти мужа.
Придя к власти, Алия стал предпринимать нерешительные попытки децентрализации экономической системы и ценовых реформ в некоторых секторах. Он также разрешил ряд публичных дискуссий об общественных проблемах Албании, а также дискуссии между деятелями культуры. При нём прекратились массовые репрессии, но сохранялся жёсткий идеологический контроль. В 1986 г. и 1989 г. были проведены широкие амнистии политических заключённых. Алия предпринимал попытки налаживания отношений с внешним миром (при его предшественнике Албания была полностью изолированной страной), в частности, с Грецией, Италией, Турцией и Югославией. Албанцы получили возможность совершать туристические поездки за рубеж.
В конце 1980-х гг., в результате поощряемых Алией дискуссий в печати о проблемах страны, обострились противоречия между сторонниками жёсткой линии и реформаторами. 9 декабря 1990 г. в г. Тирана началась демонстрация студентов, которые требовали отмены однопартийной системы. К 11 декабря число участников демонстрации достигло 3000 человек. Алия встретился со студентами и пообещал им принять дальнейшие меры по демократизации.
В новогоднем обращении Алия пообещал, что новый 1991 год станет поворотным моментом в экономике страны. Однако именно с этого времени начинается массовая эмиграция албанцев за рубеж, в первую очередь в Италию, которая не прекращается до сих пор.
В этом же, 1991 г., процессы демократизации в Албании вышли из-под контроля правительства. В противовес Албанской партии труда выходцами с севера страны была создана Демократическая партия Албании. 3 апреля 1992 г. Алия ушёл в отставку. Позднее он был арестован по обвинению в злоупотреблении служебным положении и приговорен к 9 годам тюрьмы. Фактически пробыл в тюрьме около 2 лет, поскольку был освобождён из тюрьмы восставшим народом во время волнений, направленных против нового президента Сали Бериша и против организаторов «финансовых пирамид», и с тех пор к ответственности не привлекался. До своей смерти, 7 октября 2011 г, жил в уединении на своей даче.