Специалист в области информатики, моделирования, теории управления (теория адаптивных систем, идентификация, теория чувствительности), информатизации общества и информационной безопасности.
Автор отечественной школы по теории чувствительности сложных информационно-управляющих систем. Труд опубликован в монографии R. Yusupov, E. Rozenwasser «Sensitivity of Automatic Control Systems», CRS Press, Roca Raton, London, New York, Washington, DC, 1999, p. 436.
Развил в теории моделирования новое научное направление, названные им квалиметрией моделей. Значительные результаты получены им при разработке концептуальных и научно-методологических основ информатизации и информационного общества. В этой области им подготовлена монография «Научно-методические основы информатизации общества». Под его руководством и с его участием разработаны Концепции информатизации Ленинградского экономического региона и Стратегия перехода Санкт-Петербурга к информационному обществу.
На основе предложенной им экономико-математической модели информационного общества разработана новая параметрическая модель развития науки, обобщающая известную модель ускоренного развития и позволяющая анализировать «поведение» науки в зависимости от ряда параметров (объем финансирования, численность ученых, старение знаний, «утечка умов» и т. д.).
Научно-организаторская деятельность: член Президиума СПбНЦ РАН, председатель Объединенного научного Совета центра по информатике, связи и управлению, член Научного совета при Совете Безопасности РФ, заместитель председателя Научного совета по информатизации Санкт-Петербурга, член Северо-Западной секции содействия развитию экономической науки РАН, член Совета РАН «Научные телекоммуникации и информационная инфраструктура», член Российского национального комитета по автоматическому управлению, член редколлегий ряда отечественных и зарубежных журналов и т. д. Декан факультета «Национальная безопасность» Института военно-технического образования и безопасности СПбГТУ, заведующий базовой кафедрой «Автоматизация научных исследований» СПбГЭТУ.
Благодаря усилиям Р. М. Юсупова в области научно-организаторской деятельности, в сложных кризисных условиях институт не только сохранил, но и увеличил свой интеллектуальный потенциал и стал одним из ведущих научных учреждений в области информатики и автоматизации.