Маркес начинал свою карьеру в гвадалахарском клубе «Атлас», в котором он дебютировал в 17 лет. Он очень успешно заиграл в мексиканском клубе, сыграв за него в 77 играх и получив приглашение в национальную сборную Мексики в 1997 году. В 1999 году за 6 млн евро Маркес перешёл в «Монако». Во Франции успех также быстро пришёл к Маркесу, и уже в первом своём сезоне он помог команде стать чемпионом Франции. Несмотря на предложения из более крупных клубов, Маркес оставался в «Монако» до 2003 года, после чего перешёл в «Барселону» за 5 млн евро. В первом сезоне в «Барселоне» мексиканец сыграл в 21 игре, выступая на позиции центрального защитника, и помог команде занять 2-ое место в чемпионате. Во втором сезоне Маркес играл в основном на позиции опорного полузащитника, поскольку травмы получили Мотта, Эдмилсон и Херрард. Он провёл отличный сезон, будучи одним из важнейших игроков для победы «Барселоны» в чемпионате Испании.
В "Барселоне" играл под номером 4. Под этим номером выступала одна из легенд каталонского клуба, нынешний тренер Барселоны Хосеп Гвардиола.
Первый матч за сборную Мексики Маркес провел 5 февраля 1997 года против команды Эквадора. Маркес очень скоро стал одним из важнейших игроков сборной, сыграв во всех матчах сборной на Чемпионатах мира 2002, 2006 и 2010. После выхода Мексики из группы в 2006 году Маркес в интервью сказал, что для повышения уровня национального футбола необходимо, чтобы мексиканские игроки играли в сильнейших клубах Европы.
1 августа 2010 года Рафаэль подписал контракт с клубом MLS «Нью-Йорк Ред Буллз», вслед за Тьерри Анри, который в июле этого года также отправился в Америку из «Барселоны».
Маркес женился на мексиканской актрисе Адриане Лават в декабре 2001 года. У них двое детей: Сантьяго и Рафаэла. В конце 2005 года они расстались.