Сын крестьянина. Окончил начальную школу в Грискабудисе и гимназию в Мариямполе, после чего в 1878 году поступил в духовную семинарию в Сейнах. В 1883 году поступил в Римско-католическую Духовную академию в Санкт-Петербурге. С 1887 года — магистр теологии, годом ранее стал священником. После окончания Духовной академии был назначен в ней префектом и преподавателем древнееврейского языка. Приобрёл известность после публикации антисемитской книги «Christianus in Talmude Iudaeorum sive Rabbinicae doctrinae de Christianis secreta» (лат. Христианин в Талмуде еврейском, или Тайны раввинского учения о христианах) — текста его магистерской диссертации, изданной в 1892 году в Санкт-Петербурге и переведённой на целый ряд европейских языков. В этом сочинении обосновывается мысль, что иудаизм учит ненависти к христианам и вообще всем неевреям, а также, что он предполагает ритуальные убийства (см. Кровавый навет на евреев). Хотя Пранайтис и был учеником виднейшего гебраиста и семитолога той эпохи Д. А. Хвольсона, его сочинения рассматривались специалистами как дилетантские и псевдонаучные. В 1894 году Пранайтиса осудили по обвинению в шантаже (он потребовал в багетной мастерской 1000 рублей в компенсацию за испорченную дешёвую картину, которую выдал за картину кисти Бартоломе Мурильо). На некоторое время он был сослан в Тверь, а в 1902 году направлен в Ташкент. По его инициативе были построены католические церкви в Ташкенте, Бухаре, Самарканде, Ашхабаде. Его активная миссионерская деятельность, выразившаяся, в частности, в «совращении в католичество» нескольких чинов Туркестанского гарнизона, вызвала оживлённую полицейскую переписку о нём. В сентябре-октябре 1913 года Пранайтис был экспертом обвинения на судебном процессе по делу Бейлиса — еврея, обвинявшегося в ритуальном убийстве христианского мальчика, однако на допросе продемонстрировал полную некомпетентность, не сумев ответить на ряд вопросов защиты, касающихся Талмуда. Полицейский чиновник, анализировавший процесс, отмечал, что:
.
Однако "экспертиза" Пранайтиса, известная под названием "Тайна крови у Евреев" до сих пор популярна в антисемитской среде, где преподноситься как полноценное научное исследование еврейских ритуальных убийств . Провал же Пранайтиса на суде как правило объясняется еврейсими заговорами.