Родился в селе Геджев (Гиджево) Хотинского уезда Бессарабской губернии (ныне село Яровка Хотинского района Черновицкой области). Сын священника.
Окончил Кишинёвскую духовную семинарию. В 1909 году окончил Чугуевскую юнкерскую школу.
Во время Первой мировой войны — офицер 38-го Тобольского полка.
Вёл борьбу против большевиков во время их наступления в период Центральной Рады.
Осенью 1917 года организовал из украинцев 5-го армейского корпуса полк Украинской республики, который вошёл в состав Второй сердюцкой дивизии в Киеве.
3 марта 1918 года — командир 2-го Запорожского конного полка в Запорожской дивизии.
5 ноября 1918 года получил звание полковника армии Украинского государства.
Во время антигетьманского восстания возглавлял Запорожскую дивизию, командовал Левобережной группой армии УНР.
После отступления из Левобережья устранён от управления корпусом. В июне 1919 года попытался самостоятельно обойти командование этим корпусом. За это решением военно-полевого суда расстрелян на станции Балин (теперь на территории Дунаевского района Хмельницкой области).
В конце 1918 года — в начале 1919 года состояние УНР стало критическим. «Надо что-то делать! Иначе — конец Украине! Страна наша погибнет» — заявил на совете руководства УДХП Николай Михновский.
Хлеборобы-демократы разработали отчаянный план отстранения Директории от власти. Он состоял в том, чтобы с помощью двух наиболее боеспособных объединений украинской армии — Запорожского корпуса полковника Петра Болбочана и Корпуса Украинских сечевых стрельцов полковника Евгения Коновальца — установить на Украине военную диктатуру. Решение УДХП было однозначным — «Необходимо ехать к Болбочану. Единственная надежда на него».
Кроме этого, Михновский хотел предложить полковнику пополнить его военные части «добровольцами-хлеборобами», которых в то время насчитывалось примерно 3 тысячи. В дальнейшем УДХП после переговоров с «Союзом хлеборобов-собственников» высказали готовность собрать ещё примерно 40 тысяч человек. В основном это были представители украинских средних и мелких землевладельцев, которые понимали, что власть большевиков несёт им полное уничтожение.
Полный решимости и надежд, Николай Михновский даже не догадывался, что миссия к полковнику станет его последней политической акцией. Запорожский корпус он настиг аж в Кременчуге. На следующий день по приказу Петлюры Петра Болбочана арестовали.